昆明植物所解析极小种群野生植物漾濞槭全基因组
昆明植物所解析极小种群野生植物漾濞槭全基因组
记者从中科院昆明植物所获悉，该所极小种群野生植物综合保护团队完成了漾濞槭全基因组测序、组装，获得了近于染色体水平的高质量全基因组，这也是目前首例槭树科植物的全基因组报道，相关研究成果发表于Giga Science。
组装完成的漾濞槭基因组大小约为666Mb，其Contig N50达到5.48Mb，Scaffold N50大小为44.92Mb；重复序列占比68.0%，28320个蛋白编码基因得到了从头或基于同源基因的功能注释；通过BUSCO分析得到了95.5%的组装完整性评估。
“通过与葡萄的全基因组共线性分析显示，漾濞槭在核心双子叶共有的一次古基因组六倍化事件后，没有再经历过全基因组的重复事件；另外，与葡萄染色体相比，4、6和8号染色体未检测到染色体间的插入或重排，说明漾濞槭染色体中保留了大量祖先染色体成分。”昆明植物所研究员马永鹏说。
马永鹏表示，鉴于漾濞槭高质量的全基因组信息以及染色体进化特征，其地位可以替代葡萄，成为无患子目染色体进化分析最重要的参考基因组。
近年来随着全基因组测序成本的降低，使得从全基因组层面通过揭示物种的种群历史动态、长期的适应性演化与短期、尤其是近期的快速环境适应等特征深度解析极小种群野生植物的濒危机制成为可能。
据了解，漾濞槭是云南省20个优先拯救保护的极小种群野生植物之一，隶属于槭树科的枫属植物，该属植物在产糖、用材和观赏方面都具有重要的经济价值。极小种群野生植物综合保护团队针对漾濞槭已经开展了十余年的研究工作，目前已经明确了漾濞槭野外种群数量、传粉生物学与种子散布特征以及物种的遗传样性与种群结构。目前该团队已经人工扩繁数万株漾濞槭种苗，将用于后续的种群回归与复壮。
相关论文信息：
https://academic.oup.com/gigascience/article/8/7/giz085/5532406?searchresult=1
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